Fatih Sultan Mehmed'in yaptırdığı ilk Fatih Camii en büyük hasarı 1509 depreminde almış. ‘‘Küçük kıyamet’’ olarak tarihe geçen depremde caminin kubbesi zarar görmüş, minaresi de yıkılmış.
Cami ikinci büyük darbeyi 1556 yılında İstanbul'un evlerinin tamamını, surlarının da büyük bir bölümünü yerle bir eden depremde almış.

Bugünkü Fatih Camii ise 1766 depreminden sonra tamamen tahrip olunca III. Mustafa tarafından tamamiyle değişik bir biçimde yeniden yaptırılıyor. Padişah Haşim Ali Bey'i bina emini tayin ediyor. O da önce türbe ve külliye binalarını yaptırıyor. 1767'de ise yepyeni bir plan hazırlanıyor. Önce Sarım İbrahim Efendi, sonra da İzzet Mehmed Bey yönetiminde çalışmalar sürüyor. Dört yıl sonra 1771'de yeniden ibadete açılıyor.

kısaca Günümüzdeki Fatih Camii nin aslının nasıl olduğu konusunda herhangi bir bilgi yok.Ancak bugün de ayakta olan en eski dönemden kalıntılar var. Örneğin avluyu takip eden ve son cemaat yerini ayıran kuzey duvarı ilk camiden kalma.

Hatta külliyenin yeniden yapılması sırasında türbenin yerinin değişmesi, ilginç bir tartışmayı gündeme getirmiş. İddiaya göre türbe onarım sırasında ilk yerine göre daha ileri alınmıştı. Öyle ki Fatih'in mezarı, şimdiki caminin mihrabının altında kalmış!(ne kadar doğru bilinmez)

Caminin başına gelenler sadece depremlerle de sınırlı değil. 1782'deki Cibali yangınında, halkın evlerinden kurtardıkları eşyaları caminin avlusuna koymasıyla bu kez de cami avlusundaki türbe, sanduka ve içindeki tüm eşyalarla birlikte yanmış.